Pozohondo se encuentra en plena llanura manchega, asentado en un hondo. En contraste con esta llanura se alza la Sierra de San Juan, un lugar estupendo donde pasar un día de campo, y poder observar los cambios existentes en el terreno, el cambio de color y de forma. Podemos hablar también de los dos pequeños cerros que rodean a este municipio, llamados Cerro Gordo y Cerro de la Sabina.
Existe también un espacio lacustre, situado a las afueras del municipio. Es una laguna endorreica subsalina de aguas permanentes, aunque muy fluctuantes y arroyos temporales asociados, que poseen unos 500 metros de diámetro y un metro de profundidad media.